Die Lagerhaltung überwacht im Warenwirtschaftssystem durch ein Modul für Lagerverwaltung die interne Bestandsführung. Damit die Bewegungsdaten, vor allem des Verkaufes (Auftragsbestätigungen, Lieferscheine), des Einkaufes (Bestellung, Wareneingang) und ggf. der internen Reservierung und Lagerentnahme für die Fertigung, automatisch in die Lagerverwaltung übernommen werden, ist die moderne Lagerverwaltungssoftware ein integriertes Modul eines WWS.

Die Inventur der Waren wird dabei mit unterstützt. Lagerkennzahlen, die ein WWS mit unterstützen sollte, sind beispielsweise der Mindestbestand, der Meldebestand und der Höchstbestand.